谎报军功，私吞军饷，不服从安排等等，袁崇焕决定杀毛文龙。
毛文龙确实犯了很多死罪，除了拜魏忠贤为父和观望养敌比较牵强，专制一方狂言牧马登州取南京如反掌、侵占军姿粮饷、剽掠商船、强取民间子女、驱难民远窃人参和掩败为功等十二大罪状都是不可饶恕的死罪。
事迹争议：
袁崇焕的事迹、评论几百年来一直争论不休，正如孟森在《明本兵梁廷栋请斩袁崇焕原疏附跋》中提及，明末时期历史记载十分混乱，即使是与其耳目相关的人，其恩怨纠葛也尤其复杂。其中，主要争议的集中点是袁崇焕杀死毛文龙之过及是否背叛明朝政府等。
袁崇焕因为行事作风的问题，曾经让器重他的孙承宗大为震怒，擒杀毛文龙也是袁崇焕擅自主张。他的同事王在晋认为袁崇焕虽然死于国法，但是他的功劳不可淹没，但同时，他也认为袁崇焕的死是自取灭亡。而唐甄、谈迁等人则视之为明之良将。
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